花神庙建于元未明初，距今已有60O多年。据考证，明成祖朱洪武建都南京后，得知凤得门附近有一处山清水秀，林木葱笼之地，便调集国内的种花匠人， 专门种植花草以供皇室使用。风得门内形成了花卉种植园区。郑和数次下西洋，从马来西亚等地又带回了热带观赏植物，更丰富了这一地区的花卉品种。花匠们为了保平安获丰收，出钱在风得门旁修建了花神庙，供奉百花神。庙内供奉着花神唐明皇，骑白马，执白扇，双目炯炯有神；牡丹仙子杨玉环仪态万方，丰满动人；一百个塑像神态各异、惟妙惟肖。每年的二月十二日和十一月十二日，是花神庙庙会日，请来了戏班子唱大戏，各色人等聚集花神庙，摩肩接超，热闹非凡。花农之间相互交流种植技术，结账定货，花卉交易十分红火。

　　清朝康熙、乾隆年间是花神庙的鼎盛时期。每月初一、十五游人如潮。达官显贵、平民百姓都来赏花消遣。文人雅士纷纷吟诗泼墨，刻碑留念，有名之士的碑刻达数十块。

　　太平天国时，花神庙毁于战火。但人们十分信奉百花仙子，将花神庙与善恩庙合并。传说中善恩庙供奉的是一个其面极丑、其心极善的神仙，两庙合并后，名定为花神庙，有二进大殿，九十九间厢房。既供百花仙子，又供善恩圣人，香火渐旺，解放后为建小学，即在庙址上堆土，建成了现在的花神庙小学，据传，刻等历史文物仍在小学房基之下。