三藏塔位于南京小九华山顶，建于1944年，因塔内葬有唐高僧玄奘顶骨而得名。1982年被列为南京市文物保护单位。

　　小九华山古称覆舟山，又称真武山。《寰宇记》载：“在城北五里，周回三里，高三十一丈，东接青溪，北临真武湖；状如覆舟，因以为名。”《舆地志》云：“宋元嘉中，改名真武山，以其临真武湖，山复有真武观故也。”后因山南麓建有小九华寺，故又称小九华山，今简称九华山。九华山因其地理位置重要，战乱时期与其东面的龙尾坡(今富贵山)同为军事要隘，乃兵家必争之地。另外，因此山西临鸡笼山，北毗邻玄武湖，山水清幽，风光绮丽，旧为上林苑之地。早在东吴时，山上就有一个西池，是太子孙登所辟，称太子湖。东晋置北郊坛于山南脚下，并辟药圃。后来，“宋元嘉中，以其地为北苑，更造楼观，改为乐游苑”。刘宋著名诗人鲍照《侍宴•覆舟山》诗云：“息雨清上郊，开云照中悬。游轩越丹居，晖烛集淳殿。”正是当时繁华的写照。

　　南朝的覆舟山在香火鼎盛之时，有多处寺院和名胜，如龙光寺、法轮寺、甘露亭、阆凤亭、瑶台等。李白的《鼓吹入朝曲》诗：“朝罢沐浴闲，邀游阆凤亭”即咏此。历史变迁，至解放前夕，九华山已一片凋零，“楼台荒废难留客，林木飘零不禁樵”，只剩下三藏塔和小九华寺几间禅房。

　　三藏塔建于1944年，因塔内葬有唐高僧玄奘顶骨而得名。塔为仿西安的兴教寺玄奘塔(大雁塔)形式，五层楼阁式青砖塔。塔每层辟有四门，一层中央小石碑上刻“玄奘法师灵骨”，塔基青石上原刻玄奘像和《西行取经图》。

　　玄奘法师部分顶骨归葬小九华山三藏塔有一段曲折的经历。《金陵梵刹志》载：“古迹三藏塔，唐时建在寺内左，宋天禧寺僧可政往陕西紫阁寺得唐玄奘顶骨，归塔于此。”据史载：三藏塔建于端拱元年(988年)，明洪武十九年(1386年)玄藏顶骨迁葬于寺的南冈，上建三藏墓塔，为喇嘛塔形式。永乐十年(1412年)，明成祖朱棣在天禧寺遗址上建造大报恩寺，其中琉璃塔称“第一塔”。另在三藏塔前建三藏殿。清代凌大德所绘《大报恩寺全图》中，清楚的绘制着在报恩寺的东院、禅堂正殿后面的土山上，有一座喇嘛塔形三藏墓塔，并注明“三藏塔”字样。

　　太平天国时期，大报恩塔毁于战火，三藏塔的上部也遭到破坏，被土覆盖。所幸三藏殿无损，至今保存完好。

　　1942年的初冬，侵占南京的日军部队，在三藏塔遗址上建造“稻垣神社”，挖地基时挖出一个石函，石函两面刻有文字，记载唐玄奘遗骨辗转来宁的迁葬经过。日军连夜对塔基进行发掘，并严密封锁消息，直至1943年2月3日才见披露于汪伪的《民国日报》。23日，日军因舆论所迫，在发掘的原地，由日方高森部队交给当时的伪国民政府，由伪外交部长兼文物保管委员长褚民谊接收。移交的文物中有顶骨、金佛像一座、纳骨小龛及玉饰宝、古钱等。此后决定将玄奘顶骨及石函重新安葬。初定于南门外的普德寺，后改在玄武湖边的小九华山。

　　1956年，小九华山辟为公园，后又重建倒塌成废墟的小九华寺。20世纪80年代初，在三藏塔东、西两侧山顶上重修了甘露亭和阆凤亭；90年代，修复三藏塔基《玄奘西行取经图》和兽头；并对公园进行全面规划整修，使小九华山绿荫葱郁，花木隽秀。站立山巅环顾，近有弯曲的古城墙、碧波的玄武湖，远眺钟山、幕府丹青影显，俯视城郭，山、水、城、林、市尽收眼底，实为金陵风景佳绝处。